转载自coder_Gray的CSDN博客，感谢！ 上一篇文章我们了解了k-means算法，在文章末尾指出k-means算法对于异常值十分敏感，因为具有极大值的对象可能会产生严重扭曲的数据分布。因此我们可以使用k-medoids算法，它是集群中位于最中心的对象，而不是将集群中的平均值作为参考点。因此，分区的方法仍然可以基于最小化每个对象与其参考点之间…
转载自刘建平Pinard 的博客，感谢原作者。 K-Means算法是无监督的聚类算法，它实现起来比较简单，聚类效果也不错，因此应用很广泛。K-Means算法有大量的变体，本文就从最传统的K-Means算法讲起，在其基础上讲述K-Means的优化变体方法。包括初始化优化K-Means++, 距离计算优化elkan K-Means算法和大数据情…
看过许多生信分析的文章，也做了一些工作，今天正好将这些已经有的套路做一下总结和梳理，所列的套路主要集中于转录组公开数据挖掘。 1.单基因分析法: 单基因筛选是算是最常见，年代最久的套路了。 单基因单癌种筛选基因的纯生信的文章目前(2022年)已不易发表，不过作为对应研究分子的引出，以求接下来开展对应实验，仍是个不错的选择。 单基因泛癌种的文章目前仍…
R语言的IDE一般用户常用RStudio，但是Rstudio作为单机软件，对计算机的硬件有一定的要求，换机重新安装各类依赖包也很繁琐。Rstudio Server作为服务器端的应用，可以快速统一部署项目且迁移方便。最近用手中的VPS安装并初步测试了一下Rstudio Server的运行情况。 使用的是ruvds的小鸡,[email protected],51…
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错位输出 #测试数据构建 a<-matrix(0,2,2) rownames(a)<-c("r1","r2") colnames(a)<-c("c1","c2") #常规输出(错位) write.table(a,file = "a1.txt",sep = "\t",quote = FALSE) 调整后输出 adjustdata &…
问题表现:GraphPad Prism v8.3 ,Windows 10 家庭中文版 20H2 使用中文作为首选语言时，对表格数据区进行操作时，一输入中文字符,Prism直接卡死。 GraphPad官方描述: There is a known issue that Prism may freeze on Windows 10, version 20…
概念 通常我们对于biomarker的预测模型会用ROC曲线来评价其性能，但是对于一些生存资料数据的预测模型或者需要加入时间因素，则会使用时间依赖（time dependent）的ROC曲线 传统的ROC曲线分析方法认为个体的事件（疾病）状态和markers是随着时间的推移而固定的，但在临床流行病学研究中，疾病状态和 markers都是随着时间的推…
作为一个临床研究工作者，在日常分析数据过程中,我们大量地使用Cox比例风险模型，却往往忽略Cox比例风险模型的一个重要假设-PH假设。这就导致我们在投文章的时候，审稿人经常会要求文章中补充如何判断PH假设的部分。 笔者就曾经遇到过这样的问题，被审稿人要求增加PH假设的判断。审稿人的comments如下： The assumption for the…